ФГУП «Федеральный центр логистики» было создано в соответствии с Распоряжением Совета Министров РСФСР от 31.10.1990 №1268-р и являлось правопреемником государственного предприятия «Республиканский технологический центр». Учредителями ФГУП «Федеральный центр логистики» выступали Правительство Российской Федерации и Государственный комитет РСФСР по управлению имуществом (в настоящее время Федеральное агентство по управлению государственным имуществом).
12.08.1992 ФГУП «Федеральный центр логистики» было зарегистрировано Государственным учреждением Московской регистрационной палатой Предприятие было создано в целях удовлетворения общественных потребностей в результатах его деятельности и получения прибыли, в том числе выработки и реализации предложений по наиболее эффективному использованию федерального имущества.